혹시 앞뒤 번호판 흔들리는거는 확인하셨는지요......아님 선그라스 케이스도 확인을 하셨는지....

수동은 다 그럴것 같은데요~~~ 제가 차가없어서 정확하진 않지만 울 나라 스틱이나 RV차량의 수준이 몇년전에 비해 완전히 바뀌지 않았다면 디젤 중 특히 수동은 가날 그날 상태에 따라 진동이 달라집니다. 그거 신경쓰시면 운전하기 싫어집니다. 특히 겨울에는요
물론 심하게 나는 건 문제지만 그게 통산적인건지 아닌지는 본인이 판단해야 하지만 어려우시면 그때마다 써비스들어가야하는데 열받으면 또 안나니 환장하죠~~~
대부분 차량진동으로 인한 2차 진동인데요~~ 모든 물체는 자기의 고유진동이란걸 가지고 있습니다. 대개 그 고유진동은 낮으면 낮을수록 조립이나 설계가 잘되었다고 말하는데요~~ 주변의 진동이 이 고유진동에 근접함에 따라 물체의 떨림이 급격히 증가합니다. 그래서 엔진회전에 약간의 저항이 걸리는 상태(클러치를 안밟고 연결되던가 추운 아침에 오일들의 냉각이나 부품의 냉각으로 마찰이 커진던가 하는 상태)에서는 차량진동이 평소보다 낮아집니다. 그러면 그 진동이 고유진동에 조금 가까워져 평소 안나던 진동이 생기고 소리도 나는 현상을 이해됩니다. 열받으면 없어지는 소음 진동이라면 일단 큰 우려보단 꾸준한 관찰로 대응하시는 게 좋을 듯합니다.

예열이 부족한 듯 싶습니다.
저도 4륜 수동인데 추운날 아침 시동을 켜면 진동이 심하지요.
충분한 예열을 하면 진동이 잦아들고요.